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Anschaffung der zentralen Rechenausrüstung für das Laboratorium der rechengestützen Chemie und Biochemie

Lay summary

Die Forschung des “Laboratoire de Chimie et Biochimie Computationelles” (LCBC) umfasst die Entwicklung und Anwendung von Methoden in der ab initio und gemischten, quantenmechanisch/molekularmechanischen Molekulardynamik (MD) auf Basis von (zeitabhängiger) Dichtefunktionaltheorie in einem breiten Gebiet aus Chemie, Biologie und Materialwissenschaften. LCBC wurde 2002 gegründet und umfasst 15-20 Mitarbeiter. Da LCBC sich mit rein theoretischer und angewandter rechnergestützter Forschung beschäftigt, ist ein ausreichendes Mass an ständig und spezifisch der Gruppe zu Verfügung stehender Computerressourcen unabdingbar. Die für die Forschung zentralen Computerprogramme stellen hohe Anforderungen an Prozessoren, (Arbeits-)Speicher und Kommunikation zwischen Komponenten.

Wir schlagen hier den Kauf von 40 Knoten mit je zwei Intel Haswell-CPU zu 12 Kernen und je 64 GB RAM vor, verbunden via Infiniband. Diese werden Bestandteil einer zentralisierten Installation sein, die von SCITAS an der EPFL gewartet wird. SCITAS stellt Unterbringung, Hochleistungsverbindungen zwischen den Knoten, Speicherplatz, Systemadministration und technischen Support zur Verfügung. LCBC wird Zugang zum ganzen Cluster gewährt, wobei ein Gebrauchsequivalent von 40 Knoten garantiert wird. Dies ermöglicht maximale Flexibilität, da Berechnungen verglichen zu einem rein privaten Cluser auf mehr Knoten durchgeführt werden können, wobei gleichzeitig der Aufwand für Administration für LCBC minimiert wird, da dies Aufgabe der SCITAS ist.

Da LCBC in Zusammenarbeit mit verschiedenen Experimental- und theoretischen Forschungsgruppen steht (Majed Chergui-EPFL, Paul Dyson-EPFL, Michael Graetzel-EPFL, Thomas Rizzo-EPFL, Stefan Goedecker-UniBasel, Anatole von Lilienfeld-UniBasel, Ursula Keller-ETHZ, Hans-Jakob Woerner- ETHZ, Jean-Pierre Wolf-UniGeneva) und an zwei NCCR (MUST und MARCEL) und einem NRP70 Projekt teilnimmt, werden diverse Schweizer Forschungsgruppen ebenfalls indirekt von dieser Beschaffung profitieren.