Lead
Comprendre comment les populations s'adaptent localement à leur environnement constitue une question majeure en biologie évolutive. Si nous avons de larges connaissances théoriques et expérimentales sur ce sujet, les bases génétiques du processus d'adaptation locale restent à être élucidées. Avec ce projet et en utilisant la plante modèle Brachypodium distachyon, nous proposons d'étudier comment les éléments transposables (séquences d'ADN mobile dans le génome) influencent la diversité génétique et potentiellement la capacité d'adaptation. Plus spécifiquement, nous voulons répondre à 3 questions: 1) les éléments transposables créent-ils de la diversité génétique en populations naturelles 2) Cette diversité est-elle associée à une modification de l'expression des gènes 3) Cette diversité est-elle corrélée aux variations de l'habitat, i.e. les éléments transposables sont-ils à l'origine d'adaptation locale?

Lay summary

Les caractéristiques des habitats naturels varient dans le temps et dans l'espace créant entre populations des variations de pression de sélection opérant sur les traits phénotypiques. Si la sélection n'est pas contre-balancée par d'autres forces telles que la migration et la dérive génétique, alors les populations peuvent s'adapter localement à leur habitat. Puisque l'adaptation locale représente une source majeure du maintien de la diversité génétique, comprendre comment ce processus évolutif se met en place représente une question majeure et le défi de la biologie moderne est maintenant d'en identifier les bases génétiques. Alors que la plupart des études sur ce sujet porte sur l'identification de mutations ponctuelles responsables de variations phénotypiques en lien avec les variations des habitats locaux, nous voulons ici évaluer si les éléments transposables (séquences d'ADN mobiles dans le génome et principales composantes des génomes Eucaryotes) peuvent aussi être liés au processus d'adaptation locale. De manière surprenante, cette question n'a pour le moment été étudiée que partiellement chez Drosophila melanogaster et notre projet vise donc à développer nos connaissances dans ce domaine. En utilisant des techniques  modernes de séquençage chez la plante modèle Brachypodium distachyon, nous voulons répondre à 3 questions:1) les éléments transposables créent-ils de la diversité génétique 2) Cette diversité est-elle associée à une modification de l'expression des gènes 3) Cette diversité est-elle corrélée aux variations de l'habitat ? Grâce à cette étude, nous aurons donc une meilleure compréhension de la variation génétique imputable aux éléments transposables et de leur impact sur l'écologie et l'évolution des populations naturelles.