Project

Hintergrund

Im Verlauf der COVID-19-Pandemie ereigneten sich drei (sogenannte nosokomiale) Ausbrüche in drei Abteilungen des Genfer Universitätsspitals. Die Ausbrüche wurden durch verbesserte Prävention und Kontrollen erfolgreich eingedämmt. Neben der Versorgung der mit SARS-CoV-2 infizierten Patienten hat der Schutz des medizinischen Fachpersonals (MFP) höchste Priorität. Auch der Schutz der nicht mit COVID-19 infizierten Patienten ist zentral. Gefährdete Patienten in Geriatrie- und Langzeitpflegeeinrichtungen müssen besonders geschützt werden.

Forschungsziele

Zentrales Anliegen dieser Studie ist die Rekonstruktion von Infektionsketten mithilfe epidemiologischer und genetischer Daten, um die Infektionsdynamik verstehen und zusätzliche Präventivmassnahmen ergreifen zu können. Insbesondere wollen wir:

• bei den Ausbrüchen die Übertragungswege ermitteln und Infektionsketten nachvollziehen.

• die Infektionsrichtung erkennen: MFP zu MFP, MFP zu Patient, Patient zu MFP oder Allgemeinheit zu MFP.

Erwartete Ergebnisse und Produkte

Dies ist eine retrospektive Kohortenstudie über COVID-19-Cluster mit 104 Patienten und 185 MFP in drei verschiedenen Abteilungen des Genfer Universitätsspitals. Wir erheben klinische und epidemiologische Daten aller von den Ausbrüchen betroffenen SARS-CoV-2-Patienten und MFP, erstellen Epidemie-Kurven für Patienten und Personal der einzelnen Stationen und berechnen die Neuinfektionen sowie die Verdopplungszeiten. Anhand dieser Daten rekonstruieren wir die vermutliche Infektionskette. Dank DNA-Sequenzierung können wir noch genauere Aussagen treffen als mit einer rein epidemiologischen Analyse und einzelne Cluster sowie eingeschleppte Infektionen erkennen.

Beitrag zur Bewältigung der aktuellen Pandemie

Die Analyse dieser Spitalinfektionen liefert uns wichtige Erkenntnisse über die Infektionsdynamik von SARS-CoV-2 im Gesundheitsbereich, die zum Schutz des medizinischen Fachpersonals und der Patienten in die Leitlinien für die Prävention und Kontrolle von Pandemiewellen übernommen werden. Die Studie belegt auch den Mehrwert der DNA-Sequenzierung für die Ermittlung der komplexen Verbreitung von SARS-CoV-2 in Spitälern. Um die Präventivmassnahmen der MFP in Hochrisiko-Bereichen zu verbessern, wurde mithilfe der epidemiologischen Erkenntnisse ein eLearning-Tool entwickelt.

Contexte

Au cours de la pandémie de COVID-19, trois flambées nosocomiales sont apparues sur des sites distincts des Hôpitaux Universitaires de Genève. Elles ont été maîtrisées avec succès en renforçant les mesures de prévention et de contrôle des infections. La protection des professionnels de la santé est une priorité essentielle lors de la prise en charge des patients infectés par le SARS-CoV-2. De même, la prévention du COVID-19 associé aux soins chez les patients ne souffrant pas du COVID-19 est primordiale. Une attention particulière doit être accordée aux patients vulnérables dans les établissements de soins de longue durée et en gériatrie.

Objectifs de recherche

L’objectif principal de cette étude est de reconstituer les flambées en combinant des données épidémiologiques et génétiques afin de comprendre la dynamique de transmission du SARS-CoV-2 et d’améliorer les pratiques de contrôle des infections ainsi que d’envisager des stratégies préventives supplémentaires. Les buts spécifiques comprennent :

• la détermination des voies de transmission du virus lors des flambées épidémiques et la reconstitution du mécanisme de transmission

• l’identification du sens de la transmission, par exemple de soignant à soignant, de soignant à patient, de patient à soignant ou de la population générale à un soignant.

Résultats et produits envisagés

Il s’agit d’une étude de cohorte rétrospective de foyers épidémiques de COVID-19 comprenant 104 patients et 185 soignants sur trois sites distincts des Hôpitaux Universitaires de Genève. Nous voulons recueillir les données cliniques et épidémiologiques de tous les patients et soignants infectés par le SARS-CoV-2 au cours de ces flambées nosocomiales. Nous construirons des courbes épidémiques par service pour les patients et les soignants et calculerons les taux d’attaque et les temps de doublement. Ces données nous aideront à construire le mécanisme présumé de transmission. Les données de séquençage génétique permettront d’affiner la résolution de cette analyse et d’identifier les foyers épidémiques et les cas importés qui n’auraient pas pu être reconnus par la seule analyse épidémiologique.

Contribution à la lutte contre la pandémie actuelle

L’analyse de ces flambées nosocomiales apportera un éclairage essentiel sur la dynamique de transmission du SARS-CoV-2 dans le secteur de la santé et sera à la base des directives de prévention et de contrôle contre l’infection au cours des vagues successives de la pandémie, afin de mieux protéger les soignants et les patients. En outre, cette étude démontrera la valeur ajoutée du séquençage du génome pour élucider les liens complexes participant à la diffusion du SARS-CoV-2 dans les hôpitaux. Les données fournies par les analyses épidémiologiques ont permis le développement d’un outil d’e-learning destiné à améliorer les pratiques de prévention des soignants dans les secteurs à haut risque.

Background

During the COVID-19 pandemic, three healthcare-associated (known as nosocomial) outbreaks occurred in distinct sites of the Geneva University Hospitals. After improvements in infection prevention and control, the outbreaks were successfully controlled. Protection of healthcare workers (HCWs) is a key priority whilst caring for SARS-CoV-2 patients. Similarly, preventing healthcare-associated COVID-19 among COVID-19 negative patients is key. Particular attention should be paid to vulnerable patients in long-term care facilities and geriatrics.

Research aims

The main objective of this study is to reconstruct the outbreaks, combining epidemiological with genetic data, in order to understand transmission dynamics and improve infection control practices and consider additional preventive strategies. Specific aims include:

• Establish viral transmission pathways of the outbreak and reconstruct a transmission tree

• Identify the direction of transmission, for example from HCW to HCW, from HCW to patient, from patient to HCW, or from community to HCW.

Expected results and envisaged products

This is a retrospective cohort study of COVID-19 clusters involving 104 patients and 185 HCWs in three distinct hospital sites of the Geneva University Hospitals. We will obtain clinical and epidemiological data for all SARS-CoV-2 positive patients and HCWs involved in these nosocomial outbreaks. We will construct epidemic curves by ward for patients and HCWs, and compute attack rates and doubling times. These data will be used to construct a putative transmission tree. Genetic sequencing data will provide greater resolution and identify specific clusters and imported cases that could not have been determined by epidemiological analysis alone.

Specific contribution to tackle the current pandemic

Analysing these nosocomial outbreaks will provide key insights into transmission dynamics of SARS-CoV-2 in the healthcare setting and will inform infection prevention guidelines and control guidelines in successive waves of the pandemic in order to enhance protection of HCWs and patients. Furthermore, this study will demonstrate the added value of genome sequencing in elucidating the complex connectivity of SARS-CoV-2 dissemination in hospitals. Insights from the epidemiological investigations have led to the development of an e-learning tool to improve preventive practices of HCWs in high-risk areas.