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Determinants for severe outcomes of hepatitis E acquired in Switzerland

English title Determinants for severe outcomes of hepatitis E acquired in Switzerland
Applicant Gouttenoire Jérôme
Number 190706
Funding scheme Spark
Research institution Centre Hospitalier Universitare Vaudois Gastroentérologie et hépatologie
Institution of higher education University of Lausanne - LA
Main discipline Medical Microbiology
Start/End 01.01.2020 - 31.03.2021
Approved amount 97'825.00
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Keywords (3)

Next generation sequencing; Clinical complications; Hepatitis E virus

Lay Summary (French)

Lead
L’hépatite E est une inflammation aiguë du foie causée par une infection par le virus du même nom. Les raisons pour lesquelles certaines de ces infections conduisent à des symptômes parfois sévères sont inconnues. Ce projet vise à comprendre ce qui pourrait être à l’origine de ces hépatites E symptomatiques.
Lay summary

Contenu et objectifs du travail de recherche 

L’hépatite E est une inflammation aiguë du foie consécutive à l’infection par le virus du même nom (VHE). Si la plupart des infections sont asymptomatiques, certains cas se manifestent avec des symptômes sévères et notamment une altération importante des fonctions hépatiques mais également des troubles neurologiques. Les causes de l‘apparition de symptômes sévères ne sont aujourd’hui pas connues. Aussi, ce projet vise à comprendre si le génome des virus retrouvés chez ces patients est porteur d’une information particulière prédisant l’issue de ces infections.

D’une part, nous séquencerons le génome viral isolé chez ces patients symptomatiques grâce aux nouvelles techniques de séquençage à haut débit. D’autre part, nous collecterons de manière précise les données cliniques relatives aux symptômes observés chez chacun des patients afin d’établir une possible corrélation avec la nature de la séquence du génome viral. Sur la base des informations de séquences virales obtenues, nous préparerons des outils moléculaires nous permettant, dans le futur, d’étudier plus précisément in vitro les caractéristiques d’infection et la pathogénèse de ces virus.

Notre étude doit permettre d’apporter des informations importantes sur la nature des virus qui causent des infections symptomatiques.


Contexte scientifique et social du projet de recherche 

L’hépatite E est aujourd’hui un problème de santé publique important. Une meilleure connaissance du virus causant cette infection est nécessaire afin de mieux l’appréhender et le combattre. 

Direct link to Lay Summary Last update: 09.12.2019

Responsible applicant and co-applicants

Employees

Collaboration

Group / person Country
Types of collaboration
Lausanne Genomic Technologies Facility Switzerland (Europe)
- in-depth/constructive exchanges on approaches, methods or results

Abstract

Background: Hepatitis E virus (HEV), a positive-strand RNA virus, is believed to be the most common cause of acute hepatitis and jaundice in the world. Several HEV genotypes (gt) can infect humans, including the gt 1 and 2 found in developing countries and the zoonotically-transmitted gt 3 and 4 present in industrialized regions. The latter genotypes, transmission occurs primarily through the consumption of raw or undercooked meat but other routes have been described, including transmission through blood products. Most HEV infections are asymptomatic but, in some instances, it may lead to severe hepatitis, including fatal course, or extrahepatic manifestations such as neurological symptoms. Furthermore, while HEV infection is usually self-resolved, it may persist in immunocompromised patients and cause chronic liver disease. In Switzerland, it is estimated that the seroprevalence of HEV reaches about 20% in the general population. Therefore, hepatitis E represents a growing global health concern. Specific aim: Within the framework of this grant proposal, we shall obtain the full-length sequence of viral isolates from selected infected patients with various clinical presentation, including those with severe course, to identify determinants for these extreme phenotypes.Experimental design and methods: The experiments proposed in this grant application build on a collaborative effort of clinicians and virologists. Our common efforts shall involve selection of the samples and analysis of the clinical parameters of the patients, analysis of the viral isolates by next generation sequencing (NGS), constructions of full-length and subgenomic replicon HEV constructs including their phenotypic characterization in cell culture.Expected value of the proposed project: The proposed project should yield important insights into the viral determinants for severe outcomes of hepatitis E acquired in Switzerland. These collective efforts shall allow to establish a sequencing and analysis pipeline to monitor and genotype as well as to phenotype HEV strains responsible of infections in Switzerland for future prospective studies.
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