Project

Notre précédent financement par le FNS nous avons a permis d’identifier de nouveaux astrovirus humains comme étant une cause d’infections disséminées (cas de méningites) et possiblement d’infections respiratoires. N’existant à ce jour pas de test moléculaire commercial permettant leur détection par des laboratoires d’analyses de routine, ces nouveaux astrovirus restent méconnus par les cliniciens. Contrairement aux astrovirus humains classiques, il n’existe pas à ce jour de système de culture cellulaire. Notre but est de mettre à profit notre expertise en virologie fondamentale et en diagnostique ainsi que notre position au sein du laboratoire de routine en virologie pour effectuer des investigations microbiologiques et cliniques centrées sur ces nouveaux astrovirus.

Au niveau microbiologiques, des qRT-PCR spécifiques pour les différents astrovirus humains émergents (MLB et VA) seront développées afin de permettre leur détection dans des échantillons cliniques. Nous nous centrerons également sur la  mise au point d’un système de culture cellulaire en ne nous limitant pas à l’utilisation de lignées cellulaires « classiques » mais également en testant des lignées primaires intestinales ou des systèmes de culture 3D. Le développement d’un système de culture cellulaire permettra d’obtenir des stocks viraux quantifiés et d’envisager le design d’immunoassay.

Au niveau cliniques, nous investiguerons par qRT-PCR la prévalence de ces nouveaux astrovirus humains au sein de différentes cohortes (cohorte #1: screening des selles reçus au laboratoire de routine durant deux années successives; cohorte #2: LCR de meningo-encéphalites virales; cohorte #3: selles, plasma ou LCR de patients adultes greffés de moelle ; cohorte #4: selles ou plasma de patients pédiatriques greffés (organes solides)). Leur diversité génétique sera également étudiée par analyse du génome viral complet (HTS, prélèvements avec fortes charges virales) ou de la région ORF2 par séquençage classique.