Project

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ATRX and Gene Silencing in Arabidopsis

Applicant Bischof Sylvain
Number 164674
Funding scheme Return CH Advanced Postdoc.Mobility
Research institution Gruppe für Pflanzenbiochemie Departement Biologie ETH Zürich
Institution of higher education ETH Zurich - ETHZ
Main discipline Molecular Biology
Start/End 01.10.2016 - 31.07.2017
Approved amount 94'035.00
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Keywords (3)

Régulation du génome; Maintient du génome; Modification de l’ADN

Lay Summary (French)

Lead
Régulation et maintient de l’intégrité du génome.
Lay summary

Chaque cellule vivante possède toute l’information nécessaire à son bon fonctionnent sous forme de séquences d’ADN – le génome. La régulation et le maintient de l’intégrité du génome est donc absolument critique afin d’assurer la vie d’une cellule et d’un être vivant à travers les générations. Au cours des centaines de milliers d’années de l’évolution, des mécanismes moléculaires se sont mis en place afin de réguler et protéger le code génétique contenu dans le génome.

Notre projet vise à élucider le fonctionnement d’un particulier mécanisme, récemment découvert, indispensable pour la régulation et le maintient de l’intégrité du génome. En particulier, nous étudions comment certaines régions précises du génome sont inactivées. L’inactivation ou silençage de ses séquences d’ADN est essentiel au maintient de l’intégrité du génome parce que, par exemple chez les humains, seulement 2 pourcents du génome code pour des gènes actifs alors que 98 pourcent du génome est non-codant et doit donc rester inactivé. Dans notre projet, nous allons combiner des techniques modernes de biologie moléculaires, de génétique et de séquençage du génome afin de comprendre en plus ample détail le fonctionnement du silençage du génome.

Direct link to Lay Summary Last update: 19.01.2016

Responsible applicant and co-applicants

Employees

Publications

Publication
MTHFD1 controls DNA methylation in Arabidopsis
Groth Martin, Moissiard Guillaume, Wirtz Markus, Wang Haifeng, Garcia-Salinas Carolina, Ramos-Parra Perla A., Bischof Sylvain, Feng Suhua, Cokus Shawn J., John Amala, Smith Danielle C., Zhai Jixian, Hale Christopher J., Long Jeff A., Hell Ruediger, Díaz de la Garza Rocío I., Jacobsen Steven E. (2016), MTHFD1 controls DNA methylation in Arabidopsis, in Nature Communications, 7(1), 11640-11640.
The Starch Granule-Associated Protein EARLY STARVATION1 Is Required for the Control of Starch Degradation in Arabidopsis thaliana Leaves
Feike Doreen, Seung David, Graf Alexander, Bischof Sylvain, Ellick Tamaryn, Coiro Mario, Soyk Sebastian, Eicke Simona, Mettler-Altmann Tabea, Lu Kuan Jen, Trick Martin, Zeeman Samuel C., Smith Alison M. (2016), The Starch Granule-Associated Protein EARLY STARVATION1 Is Required for the Control of Starch Degradation in Arabidopsis thaliana Leaves, in The Plant Cell, 28(6), 1472-1489.

Collaboration

Group / person Country
Types of collaboration
Zeeman lab, ETH Zurich Switzerland (Europe)
- Publication
Jeffrey Long, UCLA United States of America (North America)
- in-depth/constructive exchanges on approaches, methods or results

Scientific events

Active participation

Title Type of contribution Title of article or contribution Date Place Persons involved
Epigenetics in Action: From Mechanisms to Biological Impacts Poster A One Precursor One siRNA Model for Pol IV-Dependent siRNA Biogenesis 30.07.2017 Holderness, NH, US, United States of America Bischof Sylvain;


Associated projects

Number Title Start Funding scheme
145349 Gene silencing and nuclear architecture remodeling in Arabidopsis 01.10.2013 Fellowships for advanced researchers
176957 Plant Chromatin Remodeling 01.01.2019 SNSF Professorships

Abstract

Chaque cellule vivante possède toute l’information nécessaire à son bon fonctionnent sous forme de séquences d’ADN - le génome. La régulation et le maintient de l’intégrité du génome est donc absolument critique afin d’assurer la vie d’une cellule et d’un être vivant à travers les générations. Au cours des centaines de milliers d’années de l’évolution, des mécanismes moléculaires se sont mis en place afin de réguler et protéger le code génétique contenu dans le génome. Notre projet vise à élucider le fonctionnement d’un particulier mécanisme, récemment découvert, indispensable pour la régulation et le maintient de l’intégrité du génome.
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