Project

Back to overview

Design of a quantitative assay for in-depth analysis of human microbiome

English title Design of a quantitative assay for in-depth analysis of human microbiome
Applicant Refinetti Paul
Number 181839
Funding scheme Bridge - Proof of Concept
Research institution Chaire de statistique EPFL - SB - MATHAA - STAT
Institution of higher education EPF Lausanne - EPFL
Main discipline Medical Microbiology
Start/End 01.09.2018 - 31.08.2019
Approved amount 122'440.00
Show all

All Disciplines (3)

Discipline
Medical Microbiology
Biomedical Engineering
Mathematics

Keywords (9)

Cycling temperature capillary electrophoresis; Bioinformatics; Microbiome; Irritable bowel syndrome; DNA analysis; Microbiome; Gut ecology; Biostatistics; Computer Aided Diagnostics

Lay Summary (French)

Lead
Développement d'une méthode d'analyse du microbiome, pour permettre le développent de nouvelles thérapies.
Lay summary

Nous, hêtres humains, au cours de notre évolution nous somes develope pour vivre en symbiose avec une grande population de micro-organismes. Ces micro-organismes forme des écosystèmes complexes dans plusieurs de nos organes. Cet ensemble est le « microbiome . » Le microbiome joue un rôle important dans notre métabolisme et dans notre bien être. Il existe un microbiome du colon, de la bouche, du vagin et de plusieurs autres organes, ainsi que l’on peux définir un microbiome total d’une personne.

La composition du microbiome définit son fonctionnement. Un microbiome dérangé peut avoir des conséquences médicales. Certains exemples sont le symptôme du colon irritable, des exémas, ainsi que d’autres troubles inflammatoires chroniques. Pour soigner ces troubles, une solution est un probiotique. Des bactéries vivantes que nous consommons pour rétablir une bonne composition du microbiome.

Le but de notre projet, est de développer une méthode d’analyse capable de mesurer précisément l’effet qu’ont les probiotiques. Nous avons mis en place une solution qui intègre une plateforme bio-informatique, de la biologie moléculaire ainsi que des modelés statistiques. Le résultat est un processus capable d’analyser un échantillon de microbiome. Cette analyse, est importante pour les compagnies qui développent et testent des probiotiques. Dans le cadre d’un essai clinique, nous permettons une identification des sujets ou le probiotique est en train d’avoir un effet. Nous pouvons aussi mesurer avec précision l’effet que le probiotique en question est en train d’avoir sur le microbiome.

Cet information est vital pour démontrer le bénéfice thérapeutique d’un probiotique. L’approche proposer, va permettre aussi l’accumulation de données précise et bien documentée sur le microbiome. Ces données vont servir a améliorer notre compréhension du microbiome, et du rôle qu’il joue dans notre santé. 

Direct link to Lay Summary Last update: 15.06.2018

Responsible applicant and co-applicants

Employees

Abstract

Micro-organisms present in our digestive system contribute significantly our health and well-being. Thousands of species, from Bacteria, Archaea and other eukaryotes, interact and live together to form the human gut ecology. In the developed countries, a more or less severe form of digestive problems affects more than 15% of the population. Most of these can be linked to imbalances in the gut ecology. Current commercial solutions to analyse the gut ecology lack the precision and depth to clearly identify the causes of the diseases. The objective of this project is to develop a commercial solution with the precision and depth to accurately profile gut ecology. Understanding the relationship between gut ecology, disease and diet, will lead to solutions significantly improving life quality of affected individuals.
-