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Occupational risks for animal farmers to be colonised with animal-associated resistant bacteria in Thailand, impact on the faecal microbiota.

English title Occupational risks for animal farmers to be colonised with animal-associated resistant bacteria in Thailand, impact on the faecal microbiota.
Applicant Oppliger Anne
Number 177614
Funding scheme Bilateral programmes
Research institution Policlinique Médicale Universitaire PMU
Institution of higher education University of Lausanne - LA
Main discipline Medical Microbiology
Start/End 01.05.2018 - 30.04.2021
Approved amount 242'918.00
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All Disciplines (2)

Discipline
Medical Microbiology
Occupational Medicine, Ergonomy

Keywords (8)

faecal microbiota; colistin resistance; occupational health; antimicrobial resistance; One Health; animal-associated bacteria ; E-ESBL; zoonosis

Lay Summary (French)

Lead
L'Asie du Sud-Est est considérée comme un "hot spot" pour les maladies infectieuses et la résistance aux antimicrobiens (R). En Thaïlande, la prévalence alarmante d'entérobactéries produisant des ß-lactamases à spectre étendu (E-BLSE) ainsi que l'émergence de résistance à la colistine constituent un problème de santé global. Les antibiotiques sont largement utilisés dans les élevages d'animaux. Dès lors, le contact professionnel avec les animaux de la ferme pourrait être un facteur de risque d'acquérir des gènes de résistance à partir de bactéries zoonotiques. Par conséquent, il est urgent d'élucider le rôle des animaux de ferme dans la propagation de la R dans la communauté humaine et dans l'environnement en utilisant une approche "Une Seule Santé" (One Health).
Lay summary
L''objectif principal  est d'évaluer, le risque professionnel pour les éleveurs de porcs et de volailles d'être colonisés par des E-BLSE ou par des bactéries résistante à la colistine.

Le deuxième objectif consiste à examiner l'association entre les paramètres de la ferme et la prévalence de la résistance aux antimicrobiens. En particulier:
    a) le type de production animale (extensif vs intensif),
    b) l'utilisation d'antibiotiques (type et quantité) et
    c) le rôle des autres animaux présents dans la ferme avec un accent particulier sur les rongeurs.

Le troisième objectif est d'étudier l'influence du portage de bactéries résistantes sur le microbiote fécal des agriculteurs. Enfin, le quatrième objectif est de transférer les méthodes analytiques (analyse de microbiote) à un doctorant thaïlandais et de proposer une mesure préventive efficace pour réduire la prévalence de la résistance dans les élevages et éviter la transmission aux agriculteurs.

Ce projet sera fait en collaboration avec Visanu Thamlikitkul de Mahidol University à Bangkok;
Jean-Marc Rolain de URMITE de l'Université d'Aix-Marseille en France; Serge Morand du Cirad en France et Markus Hilty de l'IFIK de l'Université de Berne.

Direct link to Lay Summary Last update: 06.03.2018

Responsible applicant and co-applicants

Employees

Project partner

Associated projects

Number Title Start Funding scheme
152880 Structure des communautés bactériennes nasales des fermiers: Impact d'un travail en contact étroit avec les animaux 01.09.2014 Project funding (Div. I-III)

Abstract

Southeast Asia (SEA) is considered to be a hotspot for infectious diseases and antimicrobial resistance (AMR). The alarming prevalence of extended-spectrum ?beta -lactamases producing enterobacteria (ESBL-E) and the emergence and the rapid dissemination of plasmids carrying the mcr-1 gene conferring resistance to colistin (polymixin E) in Thailand is therefore a global health concern. The abuse of antibiotic in human is suggested to be the cause of this very high prevalence in community. However, other factors could also be responsible, in particular, occupational or direct contact with farm’s animals could be a risk factor of acquiring genes of resistance from zoonotic bacteria. For example, colistin has been extensively used in animal production, often as growth promoters and clonal transmission of colistin-resistant E. coli from a domesticated pig to a human was demonstrated in Laos (Olaitan et al. 2015). Colistin is re-introduced as the last resort antibiotics to cure multidrug resistant Gram-negative infection in human setting and therefore resistance to colistin is worldwide, one of the most worried concern. Therefore it is urgent to elucidate the role of farm animals in the spread of AMR in the community and to assess the risk factors for animals and humans to be colonized with AMR. Therefore, the main objective of this proposal is to assess, with a One Health approach, the occupational risk for pig and poultry farmers to be colonised with animal-associated ESBL-E and colistin-resistant Gram-negative bacteria. The second objective is to look at the association between farm parameters and prevalence of AMR. In particular: a) the type of animal production (extensive vs intensive), b) the antimicrobial usage (type and quantity) and c) the role of the other animals present on the farm with a special focus on rodents. The third objective is to study the influence of faecal carriage of ESBL-E or colistin resistant bacteria on the faecal microbiota of farmers. Finally, the fourth objective is to transfer the analytical methods (microbiota analysis) to a Thai PhD student and to propose efficient preventive measure to reduce the prevalence of resistance in animal farms and to avoid the transmission to the farmers.
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